Analysis of sequencing data

Student na konci tohoto kurzu bude: - znát nejnovější metody NGS (sekvenování nové a třetí generace), jejich využití a typy dat, který produkují. - schopen rozlišit typ metody na základě dat. - znát základní schéma analýzy dat. - umět pracovat v prostředí Linux, Bash a R na úrovni dostatečné pro analýzu NGS dat. - znát vybrané nástroje pro zpracování dat a aplikovat je na reálných datech. - schopen provést analýzu NGS dat od kontroly kvality přes namapování až po detekci odlišně exprimovaných genů (u RNA-Seq), variant (CNV s SNP), skládaní genomu, atp.